Keskiajalla vapaamuurarien järjestys oli hyvin laaja, se koostui edistyneimmistä mielistä, jotka johtivat yhteiskuntaa 1600-luvulla: Buckle, Bacon, Leibniz, Jan Comenius, kuninkaallisen veren henkilöt. Laskelmien mukaan vapaamuurarien tavoitteena on kantaa ja säilyttää hengellisiä etuja koko ihmiskunnalle. Nykyään tähän tilaukseen kuuluu myös tuhansia ihmisiä. Kuuluisat vapaamuurarien salaisuudet olivat tämän yhteisön tunnusmerkki.
Muutos vapaamuurarien peruskirjassa tapahtui vuonna 1717, jolloin vapaamuurariudesta tuli "spekulatiivista" (tai "filosofista"). Kaikki veljeskunnan jäsenet käskettiin pitämään salassa tiettyjä sanoja, merkkejä ja kättelyjä, heidän täytyi kunnioittaa niitä ja pidättäytyä osoittamasta niitä julkisesti. Ajan myötä mysteeristä tuli erottamaton osa kulttia, ja huolimatta monien salaisuuksien julkaisemisesta vuonna 1730, vapaamuurarit eivät lopettaneet peruskirjansa kunnioittamista.
Yksi vapaamuurarien tärkeimmistä salaisuuksista oli epätavallinen ja hyvin monimutkainen seremonia uusien jäsenten hyväksymisestä yhteiskuntaan. Silmät sidottu, "maallikko" tuotiin tiettyyn paikkaan, johon muut majatalon jäsenet olivat jo kokoontuneet. Astumalla kirjoitettuihin merkkeihin (niiden merkitys paljastui vasta liittyessään järjestykseen), hän lukee juhlallisesti valan tekstin. Pettämisen tai salaisuuden paljastamisen yhteydessä hän pettää sielunsa iankaikkiseen kadotukseen ja ruumiinsa kuolemaan veljien miekasta. Uudelle jäsenelle myönnetään valkoinen nahkainen esiliina, symboli vapaamuurarien veljeydestä, miesten rukkasista ja hopea lastalla - tästä lähtien häntä kutsutaan "rakentamaan ihmiskunnan suuri temppeli".
Seremonia voisi olla hieman erilainen eri majoissa - salaiset merkit, salaiset sanat, hahmot välitettiin vastaanotetuille jäsenille, he saivat tatuointeja, joiden avulla muut vapaamuurarit tunnistivat heidät. Vielä salaisempi ja vähän tunnettu oli vihkimisseremonia ylempiin asteisiin - yleensä vapaamuurariuden hierarkkisilla tikkailla oli 33 askelta.
Vapaamuurarijärjestyksen periaate perustuu salassapitoon. Moderni vapaamuurarius pitää itseään tarpeeksi vahvana, joten se ei pidä salaliiton tarvetta, mutta yleinen tietoisuus ei voi kattaa salatyötä, piilotettua vapaamuurariutta. Lupauksensa olla hiljaa lodgeihin liittymisen seremoniassa, majatalon jäsen on vastedes velvollinen toteuttamaan kaikki ylempien jäsenten määräykset.
Opiskelijalla ei ole aavistustakaan ystävän työstä, joka puolestaan ei tiedä mitään päällikön tavoitteista ja työstä. Opetuslapset tuntevat vain muutaman majatalon jäsenet, loput ovat heille tuntemattomia. Samoin mestari tuntee välittömän esimiehensä eikä tiedä loput (vaikka kenties he asuvatkin hänen vieressään). Tällainen salaisen yhteiskunnan järjestelmä toimii hierarkian kaikilla tasoilla. Ylhäältä annettu käsky toteutetaan implisiittisesti ja salaa.
Vapaamuurarit, jotka ovat alemmilla portailla, näyttävät vain toteuttajia. Tärkeimmät salaisuudet ovat piilossa pyramidin huipulla - vain vapaamuurarien loosin adeptit ja ruhtinaat tietävät ne. He yksin määrittävät järjestyksen todelliset tavoitteet - ja hallitsevat kaikkia muita. Pyhä tieto piilotettiin niin huolellisesti muilta, että monia menneiden vuosisatojen salaisuuksia ei ole enää mahdollista oppia tänään.
