Ensimmäinen venäläinen tsaari, joka ei kuulu Rurikin perheeseen, Boris Godunov kuoli 53-vuotiaana 13. huhtikuuta 1605. Hänen kuolemansa on peitetty salaisuuksissa, ja tähän päivään asti historioitsijat väittävät, oliko hänen kuolemansa luonnollinen vai väkivaltainen.
Kroonisten asiakirjojen mukaan Godunov näytti kuolemapäivänään terveeltä, söi suurta ruokahalua ja kiipesi torniin, josta hän rakasti tutkia Moskovaa. Sitten hän meni alas hänestä, sairastuneena. Tsaarin luokse kutsuttu lääkäri ei voinut tehdä mitään, tsaari vuotoi korvistaan ja nenästä, pian Godunov oli poissa.
Kuten yksi englantilaisen suurlähettilään Thomas Smithin edustajista, joka oli tuolloin Venäjän autokraatin tuomioistuimessa, kirjoitti, tsaari tunsi vatsan pahoinvoinnin ja kivun lisäksi ja kuoli ennen lääkärin saapumista.
Boris Godunovin äkillinen kuolema, vatsakivut antavat aiheen epäillä tsaarin myrkytystä. Hänen kuolemastaan oli hyötyä ennen kaikkea väärän Dmitri I: n kannattajille, jonka joukot lähestyivät tuolloin Moskovaa.
Kansan keskuudessa levisi myös huhu siitä, että tsaari itse myrkytettiin epätoivossa, joka johtui hänen epäsuosioonsa kansan keskuudessa, nälkään maassa ja puolalaisten miehitykseen.
Tietäen Borisin temperamentin, luonteen, halun korkeimpaan valtaan, mihin hän oli valmis mihin tahansa (häntä syytettiin Ivan Julman myrkyttämisestä, Ivan IV pojan Tsarevich Dmitryn murhasta), ja jonka hän saavutti, tuli de Venäjän tosiasiallinen hallitsija Fedor Ivanovichin johdolla, voit epäillä Godunovin itsemurhan versiota. Venäjän kansa, hänen mielipiteensä tsaarista, oli todennäköisesti välinpitämätön autokraatille. Puolalaisten eteneminen koko maassa ei myöskään voinut pelotella tsaaria, koska Venäjän historiassa oli vielä pahempia aikoja, muistelemme esimerkiksi mongolitatarien hyökkäystä Venäjälle.
Ei pidä unohtaa, että Godunov oli usein sairas viime aikoina, ja hänen kuolemansa voi olla seurausta autokraatin pitkästä sairaudesta.
