Kolmas elokuva, Men in Black, on jatkoa kuuluisalle amerikkalaiselle komedialle. Pääosissa kaikki samat Tommy Lee Jones ja Will Smith. Steven Spielbergin johtava tuottaja Barry Sonnenfeld otti jälleen ohjaajan haltuunsa. Elokuva alkoi elokuvateattereissa 23. toukokuuta 2012.
Negatiivisen sankarin roolin ottaa tällä kertaa Jemaine Clement, hän pelaa Borisia. Tämä on rikos, joka pakeni Kuun vankilasta. Hän palaa vihassa agentti Kayä vastaan, joka heinäkuussa 1969 sai syyllisen kiinni ja jätti hänet ilman käsivartta. Kun Kay saa yhtäkkiä selville, että Boris pakeni, hän pahoittelee suuresti, ettei pidätyksensä aikana tappanut häntä. Sen jälkeen agentti yksinkertaisesti katoaa, ja vain hänen kumppaninsa Jay muistaa, että hän oli olemassa. Loput mustasta henkilökunnasta ajattelevat, että Kay kuoli taistelussa jonkin rikollisen kanssa vuonna 1969.
Ainoa selitys tällaiselle todellisuuden kääntymiselle on muutos menneisyydessä. Jay ja agentti O päättävät, että Boris on mukana. Tämän vahvistaa toinen kosmisen mittakaavan tapahtuma - Borisin rodun hyökkäys maapallolle. Aikaisemmassa todellisuudessa tämä oli mahdotonta, koska Kay asetti planeetalle suojalaitteen nimeltä ArkNet. Agentin kuoleman yhteydessä, useita vuosikymmeniä sitten, maapallolla ei ollut esteitä avaruusvihollisilta.
Jay huomaa, että Borisin lähetti menneisyyteen Jeffrey Price, elektroniikkakauppias, jonka arsenaalissa oli laiton ajansiirtäjä. Agentilla ei ole muuta vaihtoehtoa kuin matkustaa ajassa taaksepäin pelastaakseen kumppaninsa. Ja nuori Kay pidättää hänet välittömästi. Kuulustelun aikana Jay kertoo hänelle kaiken, ja tuleva kumppani uskoo. Yhdessä he löytävät Arkanian Griffinin, jolla on ArkNet. Nyt he kolme jatkavat matkaa ja lähtevät asentamaan suojaa kuuhun. Mutta eversti pidättää heidät raketissa. Nyt hänestä tulee Jayn salaisuus.
Tästä hetkestä lähtien tapahtumat kehittyvät nopeasti. Sankarit kohtaavat kahden Borisin ja taistelu alkaa. Tulevaisuuden rikollinen heitetään rakettiakseliin, ja nuori Boris lähetetään hänen jälkeensä. Maapallon suojaus on perustettu. Ja nyt näyttää siltä, että Jayn tehtävä on saatu päätökseen, mutta ilmestyy ihmeen avulla nuori rikollinen. Eversti kuolee, mutta Boris myös tuhoutuu. Ja nyt uusi hahmo ilmestyy elokuvaan. Poika nousee everstin autosta ja alkaa etsiä isäänsä. Agentti tunnistaa itsensä. Jay palaa aikaansa ja tapaa Kayn kahvilassa. Kaikki palasi takaisin.
